会社法では、株式交換等を合併と類似した組織法上の行為とみなし、株式交換完全子会社となる会社は、株式交換契約または株式移転契約の一方の当事者となっています。しかし、実際上は、株式交換完全子会社となる会社は、合併の場合と異なり、上記のイラストでもわかるように、株式その他の資産元でも移転先でもなく、株式交換後も従前のまま存続し、株主構成が変わるだけであるため、株式交換完全子会社においては、会計処理を要しないようにも思われます。しかしながら、税務上は、株式交換等が適格要件を満たさない場合には、完全子会社の有する一定の資産を時価評価しなければならないことが規定されているため、会計処理が必要となるとともに課税関係が生じます。

時価評価する資産とは、次の資産のうち、適用除外要件に該当しないものをいいます。（法法62の9)
なお、負債は時価評価の対象となりません。

次に掲げる資産については、上記の時価評価資産から除かれます。（法令123の11①）
（１）株式交換完全子法人が非適格株式交換等の日の属する事業年度の開始日前５年以内に開始した各事業年度または各連結事業年度において次の規定の適用を受けた減価償却資産

（２）売買目的有価証券（法法61の３①一）
（３）償還有価証券（法令119の14）
（４）含み益損が資本金等の額の2分の１に相当する金額（その額が1000万円に満たない場合は1000万円）未満であるもの。

ただし、圧縮記帳制度の適用を受けた土地等で含み益が生じているもの、繰越ヘッジ処理による利益額または損失額の繰り延べ適用を請けている場合、新規取得資産として帳簿価額が別個の資産として区別されているものについては、判定に際し、留意事項がありますので、別途関連法令をご覧ください。

また、上記の時価評価規定のほか、株式交換完全子会社が長期還付販売等について、延払基準を適用している場合には、次の規定により、その非適格株式交換等のあった日の属する事業年度において、一定の繰延割賦損益を実現させる必要があります。

（１）株式交換等の処理
株式交換等を行った場合、税務上は原則として、株式交換完全子会社（上記イラストでは法人A)の株式を譲渡して、その譲渡価格をもって株式交換完全親会社（上記イラストでは法人B)の株式を取得したと考えるため、課税関係が生じます。
しかしながら、株式交換等に際して、株式交換完全親会社（上記イラストでは法人B）の株式以外の資産の交付を受け付けない場合には、法人株主については、株式交換等の直前の帳簿価格による譲渡を行った者として（法法61の２⑨⑪）、個人株主については譲渡がなかったものとみなされることによって、繰り延べられる事になります。
ただし、株主Aの中に、国内に恒久的施設を有しない外国法人または非居住者がいる場合において、三角株式交換により、外国株式交換完全支配親法人株式（国内事業管理親法人株式は除きます）が交付される場合には、完全子会社法人株式を、外国株式完全交換支配親法人株式のその交換の時における価額による譲渡したものとして、譲渡損益を認識することとなります。
国内の恒久的施設を有する外国法人等は、内国法人および居住者と同様に、課税の繰り延べが行われ、譲渡損益は認識しません。ただし、国内事業管理親法人株式の全部または一部について、一定の行為が行われた場合には、その行為が行われた時にその時の価額により株式を譲渡したものとみなして、譲渡損益を認識することになります。

（２）株式交換比率が適性でない場合の課税関係
株式交換比率は株式交換完全親会社となる会社と株式交換完全子会社となる会社の公平な企業評価に基づいて決定されるものですが、これが適性を欠く場合には、完全親会社の株主と完全子会社の株主との間で経済価値の移転があるものとみなされ、課税関係が発生する場合があります。

株主A(株式交換完全子会社となる会社の株主)の場合と同様に、株式交換比率が適正でない場合の課税関係について、検討が必要になります。

完全親法人が適格株式交換等（非適格株式交換等で、交換直前に完全親法人と完全子法人との間で完全支配関係があった場合を含む）により取得した完全子法人の株式の取得価額は、それぞれ次に定める金額とします。（法令119の9、11）

１. 株式交換等の直前における完全子法人の株主の数が50人未満である場合

ただし、その完全子法人の株式を取得するために要した費用がある場合には、その費用の額を加算した額とします。 株主が個人などの場合は例外がありますので、法令をご確認ください。

２. 株式交換等の直前における完全子法人の株主の数が50人以上である場合

ただし、その完全子法人の株式を取得するために要した費用がある場合には、その費用の額を加算した額とします。

交換による資産の譲渡は消費税法上資産の譲渡に該当しますので、株式交換により譲渡した株式は課税売上割合の計算に影響を及ぼすことになります。ただし、有価証券の譲渡は非課税取引に該当し、かつ非課税売上として計上すべき金額は譲渡対価の5%相当額となりますので、課税売上割合の分母のみこの金額を計上することとなります。